Kalundborg kommune berøres af fire ud af Danmarks 254 Natura 2000-områder.
Natura 2000-områderne dækker ca. 45 km2 (inklusive Saltbæk Vig og Tissø på hhv. 16 og 12 km2) eller 7,5 % af kommunens areal, dertil ca. er ca. 443 km2 af det tilstødende havareal omfattet (inkl. Sejerø Bugt indtil Sjællands Odde).
Områderne er udlagt som følge af EU's direktiver indenfor naturområdet, nemlig fuglebeskyttelsesdirektivet fra 1979 og Habitatdirektivet fra 1992 . Direktiverne kræver af EU's medlemslande at der udlægges dels habitatområder, dels fuglebeskyttelsesområder.
Ideelt set skal de ca. 27.000 Natura 2000-områder danne et sammenhængende netværk af beskyttede områder på tværs af landegrænser. På den måde skal Natura 2000-områderne sikre de væsentligste naturværdier i Europa, for habitatdirektivet der målsætningen f.eks. at beskytte "særlige og sjældne naturtyper og arter af fællesskabsbetydning".
I Danmark er der et stort arealmæssigt sammenfald mellem habitat- og fuglebeskyttelsesområder, og samtlige Danmarks 27 Ramsar-områder (udlagt efter Ramsar-konventionen fra 1971) er også blevet udlagt som fuglebeskyttelsesområder.
Natura 2000-områderne udgøres også i vidt omfang af arealer, der i forvejen var fredede områder og af naturarealer omfattet af den generelle, danske naturbeskyttelse (§ 3-områder).
Regulering og bestemmelser
Overordnet set skal kommunen afvise ethvert projekt, der påvirker et Natura 2000-område negativt; dette afdækkes ved en konsekvensvurdering, f.eks. i forbindelse med behandlingen af lokalplaner og andre tilladelser og afgørelser.
Desuden skal en række aktiviteter der ikke ellers kræver tilladelse anmeldes før de sættes i gang (anmeldeordningen). Kommunen skal give en vurdering af konsekvenserne ved at gennemføre aktiviteten, og i nogle tilfælde må der træffes en egentlig afgørelse om at det ønskede ikke må udføres, da det vil være til skade for et Natura 2000-område.
Beskyttelsen af nogle sjældne arter rækker udover Natura 2000-områderne: De såkaldte Bilag-IV-arter efter Habitatdirektivet er strengt beskyttede overalt på deres levesteder, og selve levestederne må heller ikke forringes eller ødelægges.
Tilskudsmuligheder og naturpleje
Det langsigtede mål for alle Natura 2000-områderne er at levesteder og arter skal opnå en gunstig bevaringstilstand, hvor naturen er af en sådan størrelse og kvalitet, at naturen kan opretholdes på langt sigt. Målene er beskrevet nærmere i de statslige Natura 2000-planer.
Kommunen har lavet en Natura 2000-Handleplan for hvert af områderne.
P.t. er det stadig handleplanen for årene 2010-2015 der gælder, men en ny handleplan for perioden 2016-2021 er på vej.
Til at gennemføre planerne og foretage den nødvendige drift og pleje i Natura 2000-områderne er der afsat tilskudsmidler i Landbrugsstyrelsen og Miljø- og Fødevareministeriet.
Det er i høj grad op til de private lodsejere at søge disse midler.
De internationale naturbeskyttelsesområder i Kalundborg Kommune
Natura 2000-område nr. 154 Sejerø Bugt og Saltbæk Vig, Diesebjerg og Bollinge Bakke (deles med Odsherred Kommune):
Habitatområde nr. 135: Sejerø Bugt og Saltbæk Vig
Habitatområde nr. 244 Bjergene, Diesebjerg og Bollinge Bakke (ligger helt i Odsherred Kommune)
EU-Fuglebeskyttelsesområde SPA 94: Sejerø Bugt og Nekselø
(også ramsarområde nr 18)
EU-Fuglebeskyttelsesområde SPA: 99 Saltbæk Vig
Natura 2000-område nr. 156 Store Åmose, Skarresø og Bregninge Å (deles med Holbæk og Sorø kommuner):
Habitatområde nr. 137: Store Åmose, Skarresø og Bregninge Å
Natura 2000-område nr. 157 Åmose, Tissø, Halleby Å og Flasken:
Habitatområde nr. 138: Åmose, Tissø, Halleby Å og Flasken
EU-Fuglebeskyttelsesområde SPA 100: Tissø, Åmose og Hallenslev Mose
Natura 2000-område nr. 166 Røsnæs og Røsnæs Rev:
Habitatområde nr. 195: Røsnæs og Røsnæs Rev