Søer der står i forbindelse med dræn eller åbne vandløb, på en måde så hele systemet ligger på mere end én matrikel, er omfattet af vandløbsloven. Der gælder dermed de samme hovedregler for søer som for vandløb.
Søer over 100 m² er desuden beskyttede efter naturbeskyttelseslovens § 3, der siger at der ikke må foretages ændringer i tilstanden af disse.